根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行报税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠的政策，同时报税区具有进出口加工、国际贸易、报税仓储商品展示等功能，享受“免证、免税、报税”政策，实行“境内关外”运作方式。
二、操作流程
（一）出口拼箱，仓储
境外采购商在中国采购产品，往往供应商不止一家，境外采购商希望把这些货物集中在一起，集拼成整柜或者库存一段时间再出口，那么就需要在中国指定一个仓库进行收货、存储。而一般工厂都有生产完成即交货，交货即办出口做收汇与退税的要求；另一方面，中国目前存在大量的来料加工厂和进料加工厂，根据现行国家政策他们的成品是被禁止存放在非海关监管的普通仓库的，那么客户可以通过选择将货物存放在综合保税区仓库解决以上问题。
（二）进口报税仓储、配送
中国目前除了是世界工厂，也是全世界最大的市场之一，中国的制造产业和普通消费者的需求是极其巨大的。为提高交付时效性与降低在国外仓储成本，国际贸易商往往希望在中国设立物流仓库，以供应这个巨大的市场。
（三）国际中转（转口贸易）、国际拼箱
因应竞争激烈的国际市场及错综复杂的国际形势，贸易的公司为保障自己的最大利益，就需要灵活运用不同国家的保税区、保税港、自由贸易区等特殊监管区域，以保护自己商业机密，及冲破贸易封锁和关税壁垒。在库内可以进行一系列的：验货或换包装、唛头、标签等简单加工。
（四）出口复进口（一日游）
综合保税区实行“境内关外”的运作模式，等同于是第三方国家，国内货物入到保税仓库等同出口，可以直接办理出口退税，货物出综合保税区进入国内销售按货物进口有关规定办理报关手续，取代货物境外游，香港游，节省物流成本，缩短供货时间。
（五）退港（退运）返修
目前中国是世界最大出口国，出口货物非常多，由于质量，如：收货人弃货不付款、产品包装/唛头/标签/说明书/小瑕疵等，不符合收货人或当地法规要求、大批产品有小故障的不良品等一些原因，免不了遇见出口退货及出口退货及出口退运的问题，退运货物回到国内工厂维修后再次复出口，需要向海关走正式流程，提供相关证明文件，手续繁琐。
